南北朝断学和针灸学的基础理论和实践规范化，在总结整理前代成就的基础上有重大发展，晋·王叔和的《脉经》，魏晋间皇甫谧的《针灸甲乙经》等著作为其卓越代表，并对后世产生了深远影响。

药物学有突出进步，南北朝本时期本草著作达70余种，最有影响的是南北朝时陶弘景的《本草经集注》，他将前代本草学成就进行了较彻底的整理，又总结《本经》后数百年的新经验，参考《名医别录》和本人研究心得著成此书,不但药物品种成倍增加，对药物限制、度量衡、剂型等严加考订，更重要的是开创了新的本草分类方法，影响深远雷敩所撰《雷公炮炙论》是我国现知药物炮炙的最早专著。

在玄学思想影响下，服石之风大盛，并使炼丹术迅速发展，由此既引起许多新的疾病的产生，也推动了药物学的发展，这是南北朝本时期医药学另一个显著特。